Фамилия Ондаганова — редкий пример, где основа почти наверняка не славянская, а тюркская или монгольская. Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления, но корень «ондаган» выдает происхождение носителей из среды, где говорили на языках алтайской семьи.

Вероятнее всего, в основе лежит слово «ондатр» или «ондага» — так в некоторых тюркских и монгольских диалектах называли водяную крысу, ондатру или выдру. Прозвище Ондаган могли дать охотнику, добывавшему пушного зверя, либо человеку, внешне или по повадкам напоминавшему этого зверька. В сибирских и уральских говорах слово «ондатра» известно в форме «андатр» или «ондага», и фамилия могла закрепиться именно там, где русские переселенцы контактировали с местными народами.

Менее вероятна, но возможна связь с калмыцким или бурятским именем Онда́н (от тибетского «дон-дан» — «обладающий смыслом»). В таком случае Ондаганов — это «сын Ондана», а суффикс -ов просто русифицировал исходную форму. Подобный переход (Ондан → Ондаганов) встречается в фамилиях бурятского и калмыцкого происхождения, где русская администрация добавляла стандартное окончание к местным именам.

Географически фамилия Ондаганова тяготеет к регионам Сибири, Забайкалья и южного Урала — там, где исторически смешивались русские, татары, башкиры и монголоязычные народы. В центральной России она почти не встречается, что подтверждает её «окраинное» происхождение.

Словообразовательная модель проста: основа «ондаган» + патронимический суффикс -ов. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Онда́ганов. Вариант с ударением на третий слог (Ондага́нов) возможен, но менее типичен для фамилий этого типа.

Если искать аналоги, то это фамилии вроде Онданова, Ондашева, Ондаров — все они редки и построены по схожему принципу: тюрко-монгольская основа плюс русский суффикс. Ондаганова стоит в этом ряду особняком из-за зооморфного прозвища, которое легло в основу, а не личного имени.