Фамилия Ондюк — редкая, и её происхождение стоит искать не в центральной России, а на западе или юго-западе славянского мира. В основе фамилии лежит суффикс -юк, типичный для украинской, белорусской и польской ономастики. Этот суффикс обычно указывает на потомка или младшего члена семьи: Ондюк — «сын Онда» или «маленький Онд». Сама основа «Онд» — это диалектная или сокращённая форма крестильного имени Андрей (от греч. «андрос» — мужчина). В украинских говорах имя Андрей нередко звучало как Ондрий, а в бытовом общении сокращалось до Ондро, Ондрик или Онд. Так имя превращалось в прозвище, а затем — в фамилию.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с польским словом «ond» или «ondy», которое в старой диалектной лексике могло означать «он» в значении «чужак», «посторонний». Однако для фамилии такое значение маловероятно, так как прозвища с местоимениями в славянской традиции крайне редки и обычно возникают в иных грамматических формах (например, «Наш»). Поэтому версия с именем Андрей остаётся основной.

Географически фамилия Ондюк в первую очередь привязана к западным регионам Украины, особенно к Волыни, Галичине и Закарпатью. Именно там суффикс -юк наиболее продуктивен, а форма имени Ондрий встречается в местных говорах. В России фамилия практически не встречается, а если и попадается, то почти наверняка принадлежит потомкам переселенцев из этих областей.

С точки зрения социальной истории, Ондюки — это, скорее всего, потомки крестьян или ремесленников, а не дворян. В среде шляхты и знати фамилии на -юк почти не образовывались, так как там преобладали модели на -ский/-цкий. Фамилия не имеет вариантов написания через «а» (Андюк) в русском языке, так как в украинском корне «Он-» сохраняется и в документах. Встречаются формы с ударением на первый или последний слог — это зависит от местного говора предков.