Фамилия Онуфер встречается редко, и её происхождение напрямую связано с личным именем, которое в русском языке претерпело заметные фонетические изменения. В основе лежит каноническое христианское имя Онуфрий. В бытовой, разговорной речи имя часто упрощалось: выпадал звук «ф» или происходила замена слогов — так и появилась форма Онуфер, где конечное «-ий» превратилось в более привычное для русских фамилий окончание на твёрдый согласный.

Словообразовательная модель здесь проста: суффикс нулевой, фамилия фактически застыла в форме разговорного варианта имени. Такие фамилии (Онуфер, Онуфрий, Онуфриев) — редкий пример, когда официальное имя и его народная версия разошлись настолько, что стали самостоятельными родовыми прозваниями. В отличие от массовых фамилий на -ов или -ин, Онуфер не указывает на принадлежность («чей?»), а прямо называет человека по имени.

Само имя Онуфрий имеет древние корни. По одной из версий, оно восходит к египетскому «Уннофре» — эпитету бога Осириса, означающему «пребывающий в благости» или «совершенный». В христианскую традицию имя вошло через преподобного Онуфрия Великого, пустынника IV века, жившего в египетской пустыне. Поэтому носитель фамилии Онуфер — потомок человека, который в крещении или в быту звался Онуфрием, но в документах запись пошла по народному произношению.

Географически фамилия тяготеет к южным и западным регионам бывшей Российской империи: Украине, Белоруссии, а также югу России. Там переход «ф» в «хв» или полное выпадение звука (Онухрий, Онуфер) был особенно распространён в диалектах. Встречаются также написания Онуфр и Онуферко, но форма без суффикса — самая редкая и архаичная.

Сословная принадлежность предков по фамилии Онуфер не определяется — она могла возникнуть и у крестьянина, и у мещанина, и у казака. Фамилия не даёт подсказок о ремесле или прозвище, только об имени основателя рода. Это типичный случай, когда личное имя, пройдя через живую речь, стало наследственным прозванием и закрепилось в документах именно в таком виде.