Фамилия Ордуханлы — редкий для русского уха пример, где тюркская модель словообразования сохранилась почти без изменений. В отличие от большинства русских фамилий, которые переделали тюркские основы под суффиксы -ов или -ин, эта фамилия осталась в своей исконной форме: основа плюс тюркский аффикс принадлежности -лы/-ли (в азербайджанском произношении — -лы). Этот суффикс указывает на происхождение из определённого места или рода: буквально «из Ордухана» или «относящийся к Ордухану».

Корень фамилии — составное тюркское имя или прозвище Ордухан. Первая часть, «орду» (орда), в тюркских языках означала «ставка», «дворец», «военный лагерь» или «государство». Вторая часть, «хан», — титул верховного правителя. Таким образом, Ордухан — это не просто имя, а титулованное прозвище: «хан орды», «правитель ставки». В средневековых тюркских государствах, от Золотой Орды до Азербайджана, такие имена давали людям высокого происхождения или военачальникам, командовавшим крупными соединениями.

Фамилия Ордуханлы типична для азербайджанской ономастики, где окончание -лы (-ли) выполняет ту же роль, что русское -ский: указывает на связь с местностью или родоначальником. Скорее всего, предки носителя этой фамилии были выходцами из села или рода под названием Ордухан, либо их предок носил личное имя Ордухан. Встречается фамилия и у тюркских народов Дагестана, где также распространён этот суффикс.

В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине, и совсем не склоняется у женщин. На письме встречаются варианты Ордуханли (с буквой «и» на конце — влияние турецкого написания) и Ордуханов — русифицированная форма, где тюркский суффикс заменили русским -ов, но исходный вариант Ордуханлы сохраняет более точную связь с историческим корнем.