Фамилия Ортубина — редкая, и её происхождение не очевидно. Скорее всего, она не славянская. Первое, что бросается в глаза: суффикс -ин, типичный для русских фамилий, образованных от основ на -а/-я (сравните: «Петя» → «Петин»). Однако корень «Ортуб-» не имеет прямых аналогов в русском языке. Это указывает на заимствованную основу.

Самый вероятный источник — тюркские языки. В них слово «орту» (orta) означает «середина», «средний», а в некоторых диалектах — «огонь» (от тюркского «от» — огонь). Суффикс -бина мог быть оформлением по русской модели или трансформацией тюркского компонента. Например, фамилия могла возникнуть от прозвища «Ортуба» (человек среднего положения, или, по другой версии, — «огневик», тот, кто имел отношение к огню, возможно, кузнец или сторож очага). Добавление русского патронимического суффикса -ин дало «Ортубин», а форма «Ортубина» — это женский вариант (жена или дочь Ортубина).

Вторая гипотеза, менее обоснованная, — связь с испанским или баскским языком. В Испании есть топоним Ортуэлья (Ortuella), а также фамилия Ортуньо (Ortuño). Однако суффикс -ина в русской записи мог появиться при адаптации, но это маловероятно, так как фамилия не встречается в массовых испанских переселениях в Россию.

Третья версия — искусственное происхождение. В советское время при паспортизации народов Кавказа и Средней Азии могли записывать фамилии по звучанию, искажая исходное имя. Например, от имени Ортун (возможно, кумыкского или ногайского) с добавлением русского -ина.

Географически фамилия Ортубина тяготеет к югу России — к Ставрополью, Кубани, Дагестану. Это косвенно подтверждает тюркскую или кавказскую основу. В дореволюционных метрических книгах она не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — не ранее середины XIX века.

Таким образом, предки носителя фамилии Ортубина, скорее всего, были выходцами из тюркоязычной среды (ногайцы, кумыки, татары) или кавказских народов, получившими фамилию по прозвищу, связанному с понятием «средний» или «огонь». Точное значение утрачено, но словообразовательная модель указывает на русское влияние при записи.