Фамилия Падинкер — редкий для России случай, когда мы почти наверняка можем назвать не только корень, но и точный город происхождения. Она явно несёт на себе отпечаток немецкого или еврейского (ашкеназского) влияния, и её география узка.

Основа фамилии — топоним Падинг (Pading). Это название небольшого города на северо-западе Германии, в земле Нижняя Саксония. Суффикс -кер — типичный немецкий формант, обозначающий «житель» или «выходец». То есть Падинкер — это буквально «человек из Падинга». Такая модель словообразования (топоним + -er) — классика немецких фамилий: Берлинер, Гамбургер, Франкфуртер. В русском языке конечное -er часто переходило в -ер или -кер. Иногда встречается написание Падингер, что ближе к исходному немецкому произношению, но вариант Падинкер закрепился в документах Российской империи.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с еврейской традицией. В идише существует слово «падин» (פּאַדין) — «подушка», а суффикс -кер мог указывать на профессию: «подушечник», то есть ремесленник, набивающий подушки или торгующий ими. Однако против этой гипотезы говорит то, что профессиональные прозвища у евреев чаще образовывались с суффиксом -щик, -ник, -ман, а не -кер. К тому же топонимическая версия логичнее и подтверждается реальным географическим названием.

Фамилия Падинкер почти не встречается в центральной России. Её носители — это, как правило, потомки немецких колонистов или еврейских ремесленников, переселившихся в Прибалтику, Белоруссию или на юг Украины в XVIII–XIX веках. В метрических книгах и ревизских сказках её можно найти в Одессе, Кишинёве, Витебске, а также в Петербурге, куда выходцы из этих мест перебирались в поисках работы. Социальный состав — мещане, купцы, ремесленники, врачи. Дворянских корней у Падинкеров нет.

Таким образом, если вы носите фамилию Падинкер, ваши предки, скорее всего, покинули Нижнюю Саксонию или прибалтийские земли и осели в черте оседлости или в немецких колониях, сохранив в фамилии память о небольшом городке на реке Эмс.