Фамилия Паерелий — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение вызывает споры. Скорее всего, это искусственная фамилия, образованная от латинского слова paer — «дитя, мальчик» или paelex — «любовница». В XIX веке такие фамилии нередко давали воспитанникам духовных семинарий: выпускники получали «благозвучные» латинизированные фамилии, которые должны были звучать возвышенно и книжно. Суффикс -ий типичен для семинарских фамилий (ср. Ангелов, Сперанский, Милославский), но здесь он оформлен по модели прилагательного, что усиливает впечатление искусственности.

Вторая версия, менее популярная, связывает фамилию с итальянским корнем paer — «отец» (от лат. pater). В этом случае Паерелий могло быть русифицированной формой итальянской фамилии Паэри или Паерелли, которую могли принести в Россию мастера, художники или купцы, работавшие при дворе в XVIII–XIX веках. Однако документальных подтверждений массовой миграции носителей такой фамилии нет.

Третий, самый редкий вариант — топонимическое происхождение. В некоторых говорах «паерель» могло означать «перелесок» или «поле за лесом», но это лишь гипотеза, не подтверждённая словарями русских говоров. Если это так, то фамилия образована с помощью суффикса -ий от прозвища Паерель, которое давали человеку, жившему у такого места.

В любом случае, фамилия Паерелий — не крестьянская и не дворянская, а скорее книжная, на что указывает её латинский корень и форма. Носители её встречаются единично, в основном на юге России и в бывших губерниях, где работали духовные училища. Сравните с однокоренными фамилиями Паеров, Паерин — они ещё реже.