Фамилия Паерн — редкий случай, когда корень слова почти не даёт подсказок. В русском языке нет нарицательного слова «паерн» или похожего на него. Это сразу указывает на иноязычное происхождение, и здесь есть две основные версии, причём одна заметно правдоподобнее другой.

Первая и самая вероятная — немецкая. Фамилия Паерн (Paern) могла возникнуть от немецкого слова «Parn» или его диалектных вариантов. В немецкой ономастике существует фамилия Pärn, распространённая в Прибалтике и северной Германии. Она восходит к средневерхненемецкому «parn» — «амбар», «житница», либо к топониму Пярну (Pärnu) в Эстонии. Переселенцы из Германии и остзейские немцы, жившие в Прибалтике, нередко приносили такие фамилии в Россию. Русское ухо могло адаптировать «Pärn» как «Паерн» или «Паэрн». Суффикса -ов или -ин здесь нет, что типично для фамилий немецкого происхождения, оставленных в исходной форме.

Вторая версия — искусственное происхождение. В семинарской среде XVIII–XIX веков фамилии нередко придумывали из латинских или греческих корней. Возможно, «Паерн» — это искажённое латинское «paternus» (отцовский) или греческое «πατήρ» (отец). Но это слабая гипотеза: семинарские фамилии обычно имели прозрачную структуру (Богословский, Троицкий, Надеждин), а «Паерн» для такой модели слишком короток и нехарактерен.

География фамилии подтверждает немецкий след. Паерны встречаются в основном на северо-западе России, в Петербургской и Псковской губерниях, а также в Прибалтике. Это совпадает с зоной расселения остзейских немцев и лютеранских общин. Носители фамилии могли быть ремесленниками, торговцами или мелкими чиновниками, приехавшими из немецких земель.

Социальный состав по этой фамилии не восстанавливается — слишком мало данных. Но можно с уверенностью сказать: предки носителя фамилии Паерн с высокой долей вероятности говорили по-немецки или жили в среде немецких колонистов.