Фамилия Пафилин — редкий пример, когда основа слова вызывает больше вопросов, чем суффикс. Модель образования здесь прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность «сын такого-то» или «слуга, человек такого-то». В русской ономастике это типичная патронимическая (по отцу) или посессивная (по хозяину) модель, как в фамилиях Пушкин, Гагарин, Ильин. Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Пафила.

Вот тут и начинается главная загадка. В святцах и древнерусских календарях имени Пафил нет — это неканоническое, то есть не церковное, имя. Самый вероятный путь: прозвище или мирское имя от греческого «пафила» — «любящий» (от «пафос» — страсть, чувство). В русских говорах слово не прижилось, но могло попасть через духовную среду или книжную культуру: так могли прозвать человека страстного, влюбчивого или, наоборот, ревностного в вере.

Есть и более прозаичная версия. В некоторых диалектах «пафил» — искажённое «пахил», то есть «пахнущий», «вонючий». Но эта гипотеза слабая: для прозвища по запаху в языке хватало своих корней (Воняев, Смердяков), а греческое заимствование звучит куда правдоподобнее для книжной среды.

Географически фамилия Пафилин встречается точечно, в основном в центральных областях России и на юге. Сословной привязки нет: мог быть и крестьянин, и мещанин, и священник. В духовном сословии такие «книжные» фамилии на -ин от греческих корней — обычное дело, но Пафилин не вошёл в списки типичных семинарских фамилий вроде Розов или Сперанский.

Коротко: Пафилин — фамилия-загадка с красивым греческим следом. Ваш предок, скорее всего, носил редкое мирское имя или прозвище Пафила, и его дети стали Пафилиными. Других однокоренных фамилий в русском языке почти нет — это делает её уникальной даже на фоне редких отапеллятивных образований.