Фамилия Папилин образована от редкого крестильного имени Папила. В переводе с греческого оно означает «батюшка (священник)». Святым покровителем этого имени считается Папила Фиатирский — диакон, священномученик, пострадавший в 251 году в городе Сарды в Малой Азии (ныне Сарт, Турция) в гонение императора Деция. Потомок человека, которого звали Папила, со временем получил фамилию Папилин.

Имя Папила в церковном календаре встречается нечасто, поэтому и фамилия, от него образованная, остается довольно редкой. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Папилин буквально значит «сын Папилы» или «человек из рода Папилы». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имен, оканчивающихся на -а или -я: Папила → Папилин, как Фома → Фомин или Никита → Никитин.

Само имя звучит необычно для современного уха, но в первые века христианства оно было вполне употребительным. Греческое слово, лежащее в его основе, — это ласковое обращение к отцу или священнику, что отражает уважение к духовному сану. Выбор такого имени для ребенка мог говорить о глубокой религиозности родителей или о том, что в семье был священнослужитель.

Историю мученика Папилы Фиатирского церковное предание связывает с Малой Азией, где христианство в III веке уже имело прочные общины. Диакон Папила пострадал за веру вместе с другими мучениками, и его память сохранилась в святцах. Именно благодаря этому имя, хоть и редко, но использовалось при крещении, а затем перешло в фамилию.

В России фамилия Папилин встречается в основном в центральных областях и Поволжье, хотя точной статистики по ней нет. Носители этой фамилии — потомки тех, кто когда-то носил имя Папила, и в их родословной, вероятно, были люди, связанные с церковью или просто носившие редкое имя в честь святого.