Фамилия Папилева — женская форма, мужской вариант — Папилев. В основе фамилии лежит, скорее всего, прозвище или мирское имя Папила. Его происхождение неочевидно, и здесь есть две основные версии, одна из которых заметно правдоподобнее.

Первая и самая вероятная: имя Папила — это просторечная, народная форма канонического крестильного имени Павел. В русских говорах имя Павел в уменьшительно-обиходной форме могло звучать как Папа, Папаша, Папила. Суффикс -ил- в таких именах (сравните: Данила, Кузьма, Фомила) был широко распространен в Древней Руси и не носил пренебрежительного оттенка, а скорее указывал на принадлежность к простонародной среде. Таким образом, Папила — это «маленький Павел» или просто Павел на народный лад. От этого имени по модели «Папила + суффикс притяжательности -ев» и возникла фамилия, буквально означавшая «сын Папилы» (то есть Павла).

Вторая версия связывает основу с диалектным словом «папила». В некоторых говорах так могли называть человека, который много и жадно пьет (от глагола «папить» — пить). Однако эта версия менее убедительна: прозвища на -ила (Попила, Попилила) встречаются, но фамилия Папилев не фиксируется в источниках как прозвищная, а ее корень хорошо ложится в гнездо производных от имени Павел.

Фамилия довольно редкая. Её распространение, скорее всего, связано с южнорусскими или западнорусскими землями, где формы на -ила от канонических имен были особенно живучи. Встречаются также однокоренные фамилии — Папилов, Папилин (от более редкой формы Папила с суффиксом -ин). По сословной принадлежности предки Папилевых, вероятнее всего, были крестьянами или посадскими людьми — фамилия образована от народной, а не книжной формы имени, что указывает на недворянское происхождение.