Фамилия Папилин — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не мирское имя, а крестильное имя Папила. Это имя восходит к греческому слову, которое переводится как «батюшка» или «священник». Такое значение сразу задает тон: основатель рода, скорее всего, был человеком уважаемым, возможно, связанным с церковной средой.

Покровителем имени считается Папила Фиатирский — диакон, пострадавший за веру в 251 году в городе Сарды (Малая Азия) во время гонений императора Деция. Церковь почитает его как священномученика. Само имя при этом осталось в русской традиции большой редкостью: оно не вошло в народный обиход, не дало уменьшительных форм, а потому и фамилий от него образовалось немного.

Модель образования проста и понятна: к основе Папил- добавили типичный русский суффикс -ин, который указывает на принадлежность. Папилин буквально значит «сын Папилы», «наследник Папилы». Такая схема — самая распространенная для фамилий, образованных от личных имен, и здесь она работает без натяжек.

Точное место и время возникновения фамилии Папилин назвать сложно. Русские фамилии складывались веками, и крестьянские рода часто получали их только после отмены крепостного права. Но учитывая редкость имени, можно предположить, что фамилия не была массовой и сохранилась в виде отдельных семейных ветвей, а не широкого пласта населения.

В написании фамилии возможны варианты: Папилин и Папилины — это формы одного рода, где вторая указывает на семейство в целом. Ударение, судя по происхождению от имени с ударным вторым слогом, логичнее ставить на второй слог: Папи́лин.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что родственных образований почти нет: ни Папилов, ни Папильский в массовых источниках не встречается. Это делает фамилию Папилин своеобразным маркером — если вы носите ее, ваш род почти наверняка восходит к конкретному человеку по имени Папила, память о котором церковь сохранила через житие мученика III века.