Фамилия Пахнючка — редкий пример того, как прозвище превратилось в фамилию, сохранив при этом уменьшительно-ласкательный оттенок. В её основе лежит древнерусское неканоническое имя или прозвище Пахнючка, которое, в свою очередь, образовано от глагола «пахнуть». Такое имя могли дать человеку по двум разным причинам.

Первая и наиболее вероятная версия — прозвище по запаху. В крестьянской среде, где люди постоянно работали с землёй, скотом, рыбой или кожей, резкий или стойкий запах был частью профессии. Пахнючкой могли назвать того, кто пахнет дымом, дегтем, рыбой или свежескошенной травой. Вторая версия — ироничное прозвище для человека, который любил душиться или, наоборот, не следил за собой. Уменьшительный суффикс -ючк- (как в словах «дочурка», «мамлючка») придаёт прозвищу оттенок снисходительной ласки или насмешки, а не грубости.

Словообразовательная модель фамилии проста: основа Пахнючк- плюс окончание -а. Это типичная украинская или южнорусская фамилия, так как суффикс -ючк- характерен именно для украинского языка (ср. фамилии Стеблючка, Ганючка). В русском языке аналогичное прозвище скорее звучало бы как Пахнучка или Пахничка. Написание через «ю» — маркер происхождения из регионов, где украинское влияние было сильным: Черниговщина, Полтавщина, Слобожанщина, а также юг России (Курская, Воронежская области).

Фамилия Пахнючка относится к категории так называемых «уличных» или «бытовых» фамилий. В документах XVII–XIX веков её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образовывались от отчества, Пахнючка — это прямое прозвище, которое закрепилось за главой семьи и передалось детям без изменений. Судя по редкости фамилии, её носители компактно проживали в одном или нескольких соседних сёлах, и родословная, вероятно, восходит к одному предку по прозвищу Пахнючка.