Фамилия Пахункова — женская форма фамилии Пахунков. Её основа восходит к прозвищу или нецерковному имени Пахун. В русских говорах «пахун» — это тот, кто сильно пахнет, издаёт резкий запах. Слово образовано от глагола «пахать» в значении «веять, нести запах» (ср. «пахнуть»). Прозвище могли дать человеку с заметным природным запахом — например, работнику, постоянно имеющему дело с рыбой, кожей, дёгтем или другими пахучими веществами. В некоторых диалектах «пахун» также означало «ветер» или «сквозняк», но эта версия менее вероятна: прозвища редко давали по явлениям природы.

Суффикс -ов- указывает на типичную модель образования русских фамилий в XVI–XVII веках: сначала отчество от прозвища (Пахунов сын), затем закрепление в качестве фамилии. Форма на -а — стандартное окончание для женского рода. Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России, где слово «пахун» бытовало в живом народном языке. В письменных источниках XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Пахун, например, в переписных книгах Новгородской земли.

Стоит отметить, что фамилия не связана с глаголом «пахать» (вспахивать землю) — у этих слов разная этимология. «Пахота» и «пахун» (запах) восходят к разным корням: первый к праславянскому pahati (разрыхлять), второй к pachnǫti (издавать запах). Омонимия в современном русском языке случайна. Фамилия редкая, не имеет дворянских ветвей и, скорее всего, принадлежала крестьянским или ремесленным родам.