Фамилия Пахунков — одна из тех, чья основа на первый взгляд кажется прозрачной, но при ближайшем рассмотрении ставит перед исследователем несколько вопросов. Самое очевидное, что приходит в голову, — связь с глаголом «пахнуть» или существительным «пахун» (то, что издает запах). Однако в русской ономастике прямое прозвище по запаху встречается крайне редко и обычно имеет конкретную, часто негативную, окраску. Куда вероятнее, что в основе лежит не запах, а диалектное слово.

В северных и центральных говорах России «пахун» (или «пахунок») — это не просто что-то пахучее, а название растения, чаще всего полыни или пижмы, которые в народе называли «пахучей травой». Прозвище Пахунок могли дать человеку, жившему в местности, изобилующей такой травой, либо занимавшемуся её сбором (для лекарственных или хозяйственных нужд). Не исключён и вариант, что Пахунком дразнили того, кто сам резко или неприятно пах — например, работника, имевшего дело с рыбой, кожей или дегтем.

Морфологически фамилия образована по стандартной для русских фамилий модели: к основе «Пахун» добавлен суффикс принадлежности -к-, а затем патронимический суффикс -ов. То есть Пахунков буквально означает «сын Пахунка» или «потомок того, кого звали Пахунок». Форма с суффиксом -ок- в основе (Пахунок) указывает на уменьшительно-ласкательное или пренебрежительное прозвище, что типично для сельской среды.

Фамилия редкая, её географическое распространение, судя по доступным данным, тяготеет к центральным областям России — возможно, к бывшим территориям Рязанской или Тамбовской губерний, где диалектная лексика с корнем «пах-» была особенно активна. В сословном отношении Пахунковы, скорее всего, были крестьянами или однодворцами, а не дворянами — фамилии с такой «бытовой» прозрачной основой редко попадали в высшие сословия.

Альтернативная, менее правдоподобная версия связывает фамилию с тюркским корнем «пахун» (богач, владыка), но для русского уха такое объяснение выглядит натяжкой: фамилия явно славянская по словообразованию, и тюркское заимствование в этой форме маловероятно. Таким образом, наиболее обоснованным остаётся «растительно-бытовое» происхождение: предок носителя фамилии получил прозвище от местной травы или своего занятия.