Фамилия Пахунов в своей основе почти наверняка имеет личное прозвище Пахун. Вопрос лишь в том, что именно это прозвище означало: здесь возможны две версии, и обе упираются в глаголы, которые звучат одинаково, но несут разный смысл.

Первая и самая очевидная версия — от глагола «пахнуть». В этом случае прозвище Пахун могло закрепиться за человеком с резким, неприятным запахом. Чаще всего так в деревне называли бродягу, бездомного или тяжело больного, за которым некому было ухаживать. Прозвище в таких случаях — не столько оскорбление, сколько бытовая примета, по которой человека отличали от других. Вторая версия отсылает к глаголу «пахать». Тогда Пахун — это пахарь, земледелец, трудолюбивый крестьянин, чей труд был главным делом жизни. Такое прозвище звучало бы уважительно, как характеристика работящего человека.

Какая из версий правдоподобнее? С точки зрения словообразования, форма «Пахун» легко выводится из обоих глаголов: суффикс -ун в русском языке активно образует имена деятеля («бегун», «говорун», «крикун»), и «пахун» в значении «тот, кто пахнет» или «тот, кто пашет» ложится в эту модель одинаково хорошо. Однако в народной традиции прозвища, данные по внешним признакам или особенностям поведения, встречались чаще, чем хвалебные. Поэтому версия с «пахнущим» человеком выглядит чуть более естественной для бытового прозвища, хотя полностью исключать «пахаря» нельзя — в разных местностях прозвища могли даваться по-разному.

Сам суффикс -ун придаёт прозвищу характерную резкость и простоту, свойственную северным и центральным русским говорам. Фамилия же Пахунов образовалась по стандартной патронимической модели: потомка человека по прозвищу Пахун стали записывать как Пахунов, то есть «сын Пахуна». Со временем прозвище забылось, а фамилия закрепилась за родом. Стоит отметить, что фамилия встречается не повсеместно, а скорее тяготеет к регионам, где был распространён этот тип прозвищ, — но точную географию без специальных исследований назвать сложно. В любом случае, носитель фамилии Пахунов — потомок человека, которого в старину выделили из общины по запаху или по труду, и обе эти возможности делают фамилию живой приметой крестьянского быта.