Скорее всего, прозвище Пахун восходит к глаголу «пахнуть». Возможно, такое прозвище получил бездомный или больной человек. Согласно другой версии, в основе этой фамилии лежит глагол «пахать». Следовательно, Пахуном могли называть и земледельца, трудолюбивого крестьянина. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пахун, со временем получил фамилию Пахунов.