Фамилия Пачунов — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается неочевидная основа. Суффикс -ов указывает на типичную модель притяжательного прилагательного: Пачун → Пачунов, то есть «сын Пачуна» или «человек из рода Пачуна». Вопрос в том, что такое «Пачун» и откуда оно взялось.

Самая вероятная версия связывает фамилию с прозвищем Пачун, образованным от глагола «пачкать». В русских говорах «пачун» или «пачкун» — это человек, который пачкается, неаккуратный, неряшливый. В переносном смысле так могли назвать маляра, красильщика или гончара — мастера, чья работа неизбежно оставляет следы. Подобные прозвища по роду занятий или характерной черте поведения давали часто, и они легко закреплялись в качестве фамилий. Если предок действительно был, скажем, красильщиком тканей, то прозвище Пачун было для него почти профессиональным.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с личным именем Пача, уменьшительной формой от Павел или Пахом. В этом случае Пачун — это «Пача» с увеличительным или ласкательным суффиксом -ун, как, например, Ваня — Ванюн. Такая словообразовательная модель встречается в северных и сибирских говорах. Однако в отличие от фамилий на -ихин или -ский, где имя-основа часто очевидна, здесь имя Пача не слишком популярно, что делает эту гипотезу слабее.

Географически фамилия Пачунов тяготеет к югу России и Поволжью. Встречается она нечасто, но вполне стабильно в Волгоградской, Ростовской областях и в Краснодарском крае. В некоторых переписях XIX века фамилия фиксируется в среде государственных крестьян, что подтверждает её народное, недворянское происхождение.

Однокоренных фамилий немного: Пачков, Пачкин, Пачурин. Все они образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Пачунов стоит особняком благодаря суффиксу -ун, который в русской антропонимии встречается реже, чем -ец или -к, и часто придаёт прозвищу оттенок действия или свойства. Поэтому, скорее всего, предок носителя этой фамилии был либо человеком с заметной неаккуратностью, либо мастером, чьё ремесло оставляло следы на руках и одежде.