Фамилия Пагунов образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы на согласный с помощью суффикса -ов. Такая модель указывала на принадлежность: Пагун — это человек из рода Пагуна, то есть сын или потомок Пагуна. Вопрос упирается в то, что скрывается за основой «пагун».

Здесь возможны два основных пути, и оба ведут в прозвища, а не в крестильные имена. Первый и самый прямой — связь с глаголом «пагубить» (губить, портить) или существительным «пагуба» (гибель, беда, вред). Прозвище Пагун могли дать человеку, который приносил несчастья, был неудачлив или, наоборот, отличался крутым, «погибельным» нравом. В старину такие имена-обереги (с отрицательным значением) давали, чтобы отвести от ребёнка злые силы: назовут Пагуном — и нечисть не позарится.

Вторая версия — диалектная. В некоторых северных и сибирских говорах «пагун» или «пагунок» означало небольшой туман, дымку, лёгкий пар над землёй. Такое прозвище мог получить человек с неясным, смутным характером, либо тот, кто жил в сырой, туманной местности. Эта версия менее популярна в ономастических справочниках, но имеет право на существование, поскольку фамилия встречается в регионах с влажным климатом (например, в Вологодской и Архангельской областях).

С суффиксом всё прозрачно: -ов — типичный русский патронимический суффикс, фамилия сложилась в центральной и северной частях России. Редкость фамилии объясняется необычностью прозвищной основы: «пагун» — слово нечастотное, не из бытовой лексики, поэтому и фамилия не получила массового распространения. Встречается она в основном на севере и северо-востоке европейской части России, а также в Сибири, куда переселенцы увозили прозвища с собой.

Искать однокоренные фамилии вроде Пагубный или Пагубов смысла нет — они единичны и, скорее всего, искусственные (семинарские или поздние). Пагунов стоит особняком: он старше, народнее и не обязан быть «плохим». Прозвище могло закрепиться за человеком, который просто жил в тумане, или за тем, кого в шутку называли «погибелью» для врагов.