Фамилия Пегунов — яркий пример того, как прозвище, данное за характер или поведение, закрепилось в родовом имени. В её основе лежит древнерусское слово «пеганый» или «пегу́н». В говорах «пегуном» называли человека с пёстрой, рябой кожей или волосами — того, кто «пег», то есть не однотонен, с пятнами. Это прозвище давали либо человеку со следами оспы на лице, либо просто тому, кто выделялся необычной внешностью.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: суффикс -ов указывает на принадлежность, буквально «сын Пегуна». Такая модель — самая распространённая в русских фамилиях, она закрепилась в XVI–XVII веках, когда крестьян и посадских людей в документах всё чаще записывали по отцу. Поэтому Пегунов — не дворянская фамилия, а типично крестьянская или мещанская, возникшая в среде, где прозвища были живыми и точными.

Интересно, что у фамилии есть близкие «родственники» — Пеганов, Пегановский, Пегушин. Все они восходят к тому же корню «пег-» (пёстрый). В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные прозвища описаны как характерные для северных и центральных губерний, где рябая внешность не была редкостью из-за распространённости оспы в дореволюционной России.

Встречаются Пегуновы в основном в Поволжье и на Урале — в старых переписях XVIII–XIX веков эта фамилия фиксируется в Симбирской, Казанской и Пермской губерниях. Скорее всего, предки современных Пегуновых были государственными крестьянами или мастеровыми на заводах — прозвище «Пегун» могло закрепиться за конкретным человеком, а затем перейти к потомкам без изменений. Никаких легенд о боярском происхождении или иностранных корнях у этой фамилии нет — её история проста и честна, как и сами её носители.