Именования, образованные по той же модели, что и фамилия Пергунов, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени (христианского или языческого). Фамилия Пергунов образована от прозвища Пергун. В его основе лежит слово «перга» - «пыльца растений, собранная медоносной пчелой, уложенная в ячейки сотов и залитая медом». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Пергун получил пчеловод, либо человек, торговавший медом. Однако у слова «перга» было и другое значение – «перхоть». В этом случае данное прозвище могло указывать на особенности внешнего вида предка. Согласно еще одной гипотезе, в основе данной фамилии лежит производная западнославянская форма крестильного имени Петр — Пергун. Это имя в переводе с древнегреческого языка означает «камень, скала». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пергун, со временем получил фамилию Пергунов. Так, в Книге памяти Самарской области упоминается буфетчик на пароходе в городе Благовещенск Пергунов Никифор Фомич, родившийся в 1883 году в Самарской области.