Фамилия Пергун — редкая и неоднозначная, её происхождение упирается в два корня: тюркский и славянский. Скорее всего, перед нами пример фамилии, образованной от прозвища, а не от крестильного имени. Суффикс -ун указывает на активного деятеля (сравните: бегун, крикун, говорун), то есть Пергун — это человек, который «пергает», то есть бодает, толкает или, в переносном смысле, упрямится. В русских говорах слово «пергать» означало «бить ногами, брыкаться» или «идти напролом». Прозвище Пергун могли дать драчливому, неуступчивому или очень упорному человеку.

Вторая версия выводит фамилию из тюркских языков. В татарском и башкирском есть основа «пергун» (или «бергун»), связанная со значением «единый, цельный» или «собранный». В этом случае фамилия могла принадлежать выходцу из тюркоязычной среды — например, из числа служилых татар или крещёных народов Поволжья. Интересно, что фамилия Пергун встречается в двух не связанных друг с другом регионах: на Украине (особенно в Черниговской и Киевской областях) и в Башкортостане. Такая география подтверждает двойную природу корня.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: прозвище на -ун перешло в фамилию без дополнительного суффикса (как Трегуб, Скоробун, Хвастун). Это говорит о том, что фамилия закрепилась в крестьянской или казачьей среде, где прозвища давали по поведению. В украинской традиции ударение чаще падает на последний слог: Пергу́н, что также характерно для фамилий с суффиксом -ун.

В документах XVIII–XIX веков фамилия почти не фиксируется, что указывает на её локальный и недворянский характер. Если искать однокоренные параллели, можно вспомнить фамилию Перганов (от диалектного «перган» — бодливый), но Пергун стоит особняком — в ней нет уменьшительного оттенка, она звучит резче и старее.

Таким образом, носитель фамилии Пергун, скорее всего, потомок человека с крутым нравом или упрямого ходока, а возможно — выходец из тюркской среды, чьё прозвище переосмыслилось на русской почве. Выбрать одну версию без семейной истории невозможно, но обе они ведут в одно и то же время — в XVI–XVII века, когда прозвища такого типа были повседневной нормой.