Фамилия Пельгун — редкий пример, когда за основу взято не имя, не профессия и не черта характера, а, скорее всего, местное географическое прозвище. В её основе лежит слово «пельга», которое в диалектах русского Севера (особенно в архангельских и вологодских говорах) означало «заливной луг», «пойму», «болотистую низину» или «сырое место у реки». Человек, живший на таком сыром лугу или возле болота, мог получить прозвище Пельгун — «житель пельги».

Суффикс -ун в русских прозвищах часто указывал на деятеля или носителя признака (ср. бегун, ворчун, говорун). В случае с Пельгуном он не столько обозначал активное действие, сколько закреплял за человеком характерную черту его места обитания. Такая модель словообразования типична для фамилий, возникших из прозвищ в северорусской среде, где топографические прозвища были особенно распространены.

Версия о происхождении от финно-угорского корня (например, от карельского или вепсского слова, близкого к «pelto» — поле) также возможна, но менее убедительна. Фонетически «пельга» как «луг» встречается именно в русских говорах, соседствующих с финно-угорскими народами, и слово это могло быть заимствовано, но уже давно обрусело. Поэтому привязка к чисто финскому корню без учёта русской диалектной лексики была бы натяжкой.

Фамилия Пельгун — недворянская, крестьянская или мещанская. Она почти не встречается за пределами Русского Севера и северо-западных областей (Вологодская, Архангельская, возможно, Ленинградская области). Её редкость — прямое следствие узкой диалектной основы: прозвище могли дать только там, где слово «пельга» было в ходу. Носители фамилии, скорее всего, происходят из семей, живших поколениями на сырых пойменных землях, и фамилия закрепилась за ними как указание на урочище — конкретный луг или болото, где стояла деревня.