Фамилия Пальгун — редкая и звучит необычно для русского уха. В ней нет типичных фамильных суффиксов вроде -ов или -ин, что сразу указывает на её возможное нерусское происхождение или на то, что она закрепилась в форме прозвища, не переоформленного по стандартной модели. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища, которое дали человеку по характерному признаку.

Самая вероятная версия связывает основу «пальгун» с диалектным словом «пальга» или «пальги». В северных и сибирских говорах, особенно в архангельских и вятских, «пальгой» называли палку, дубину, колотушку, а также нечто кривое, изогнутое или неуклюжее. Отсюда «пальгун» — человек неуклюжий, неловкий, или же тот, кто ходит с палкой, опирается на неё. Суффикс -ун в русских прозвищах активен и часто придаёт слову оттенок деятеля или обладателя признака (ср. «бегун», «крикун», «ворчун»). Таким образом, Пальгун — это «тот, кто пальгает», то есть ходит, опираясь на палку, или действует неуклюже.

Существует и другая, более редкая гипотеза — связь с финно-угорскими языками. В карельском и вепсском есть слово «palgu», означающее «полено» или «чурка». В районах русского Севера, где веками шло смешение с местными народами, такое прозвище могли дать плотному, коренастому человеку или, опять же, тому, кто работает с деревом. Эта версия географически привязана к тем же областям, что и первая.

Географически фамилия Пальгун встречается крайне редко, преимущественно на Русском Севере и в Сибири, куда переселенцы уходили из поморских земель. Встречаются единичные носители в Архангельской, Кировской областях, а также в Забайкалье. Социальный состав предков, скорее всего, был крестьянским или посадским — прозвище давали в среде, где ценилась физическая ловкость или, наоборот, подмечали её отсутствие.

В написании фамилия устойчива: Пальгун. Вариант с мягким знаком (Пальгунь) или через «о» (Польгун) — это уже опечатки или результат поздней адаптации в документах. Фамилия не склоняется по падежам как мужская, так и женская, хотя в быту женский вариант иногда оставляют без изменений.