Фамилия Пальгунов ведет начало от личного прозвища Пальгун. Самая распространенная версия связывает его со словом «пальга», которое в словаре Владимира Даля трактуется как «левая рука». Если следовать этой логике, прозвище закрепилось за человеком, который был левшой. Для традиционной культуры, где правша считался нормой, такая заметная особенность легко становилась уличным именем, а затем переходила в фамилию детей и внуков.

Однако у прозвища есть и другие прочтения. В олонецких говорах пальгой называли рыбу семейства лососевых. В этом случае Пальгун — «профессиональное» именование, указывающее на род занятий: предок мог быть рыбаком или торговать рыбой. Прозвища по ремеслу давали не только самому мастеру, но и членам его семьи, поэтому фамилия легко закрепилась в потомстве.

Существует и третья, более редкая гипотеза, выводящая прозвище от названия озера Пальга в Мурманской области. Тогда Пальгуном называли выходца с этих мест, а фамилия указывала на географическое происхождение рода. Такая модель типична для северных регионов, где названия деревень и озер часто становились основой для прозвищ.

Суффикс -ун в прозвище Пальгун характерен для русской народной традиции: он придает слову оттенок деятеля, носителя признака. Фамилия на -ов, образованная от такого прозвища, относится к древнему пласту русских фамилий, которые складывались в XV–XVII веках. География фамилии широка: она встречается и в России, и в Польше, что говорит о возможных миграциях рода или смешении ветвей.

Среди известных носителей — Николай Григорьевич Пальгунов (1898–1971), государственный деятель, журналист и дипломат. Его биография подтверждает, что фамилия не была узко крестьянской: потомки Пальгуновых поднимались по социальной лестнице и входили в советскую элиту.