По одной из версий, оно ведет свое начало от украинского нарицательного «пильга» - «освобождение от каких-либо обязательств», «великодушие», «вольность», «облегчение». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Пильгун было дано либо «обеленному» (т.е. освобожденному от податей) крестьянину, либо отражало особенности характера и поведения основателя фамилии (бескорыстность, благородие, непринужденность). По другой гипотезе, прозвище этимологически связано с эрзянским словом «пильге» - «нога». Согласно этому, можно предположить, что прозвище Пильгун было дано быстрому, подвижному, расторопному человеку. Наконец, не исключено, что в основе данной фамилии лежит не прозвище, а мирское имя Пильгун, восходящее к украинскому «пильх» - «полевая мышь».