Фамилия Пыльгун — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с пылью, а с глаголом «пыльгать». В русских говорах, особенно северных и сибирских, это слово означало «бежать вприпрыжку, семенить, торопиться мелкими шагами». Человека, который ходил быстро, суетливо, немного подпрыгивая, могли прозвать Пыльгуном. Вторая версия — от того же корня, но с другим оттенком: «пыльгать» иногда значило «шалить, проказничать, делать что-то торопливо и небрежно». Тогда прозвище получал непоседа или тот, кто делал всё наспех.

Суффикс -ун в русских фамилиях (сравните: Болтун, Молчун, Скакун) указывает на носителя устойчивого признака или действия. Пыльгун — это тот, кто пыльгает, то есть постоянно находится в движении, суетится. Такая модель образования типична для прозвищ, которые потом закреплялись как фамилии без дополнительных суффиксов принадлежности (-ов, -ин). Фамилия Пыльгун — это чистая форма прозвища, что встречается реже, чем «патронимические» фамилии на -ов. В документах XVII–XVIII веков в Вятской и Пермской губерниях встречаются крестьяне с прозвищем Пыльгун, что подтверждает бытование слова именно в этой среде.

Связь с «пылью» маловероятна: если бы прозвище дали за пыльную работу или место жительства у пыльной дороги, скорее появилась бы форма Пыльников или Пыльнов. Пыльгун же явно указывает на манеру поведения. Таким образом, предок носителя этой фамилии был, скорее всего, подвижным, быстрым человеком — возможно, гонцом, рассыльным, или просто непоседой, которому дали меткое уличное прозвище. Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской части России, что совпадает с ареалом слова «пыльгать».