Фамилия Пачкунов — один из тех случаев, когда прозвище предка сохранилось в документах почти без искажений. В основе лежит глагол «пачкать». Но важно не торопиться с выводом, что предок был неряхой. В крестьянской среде прозвище Пачкун чаще всего давали не тому, кто ходил грязным, а тому, чья работа была связана с пачкотней — то есть с сажей, глиной, краской или тестом. Печник, маляр, гончар или мельник, вечно в муке, — все они могли получить это прозвище.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Пачкунов — сын Пачкуна. Фамилия образована в XV–XVII веках, когда на Руси закреплялись родовые имена по отцу. Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, встречается в Поволжье и на Урале, но не является частой. Редкость фамилии — косвенное указание на то, что прозвище было строго профессиональным, а не насмешливым: если бы оно означало «грязнуля», его давали бы чаще, и фамилия была бы распространена шире.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) модель «Пачкун» рассматривается в ряду прозвищ по роду занятий. Есть и параллельная форма — Пачкалов, где суффикс -ал указывает на деятеля (как «строгал», «ковал»). Но Пачкунов — более прямой вариант, без дополнительных словообразовательных наростов. В некоторых говорах «пачкуном» называли ещё и плохого, нечистоплотного в работе мастера, но это значение, скорее всего, вторичное.

Что касается сословной принадлежности: Пачкуновы — почти наверняка крестьяне или посадские люди. В дворянские гербовники фамилия не попала, что подтверждает её простонародное происхождение. В дореволюционных метрических книгах Пачкуновы встречаются среди государственных и помещичьих крестьян, реже — среди мещан. Никаких громких исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано, что для рядовой русской фамилии — норма.