Фамилия Пачкунова — женская форма, а её мужской вариант Пачкунов. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Пачкан. В старину так могли назвать человека, который часто пачкался, работал в грязи или имел неопрятный вид. Слово «пачкать» в значении «марать, грязнить» известно в русских говорах с давних пор, и прозвище Пачкан было прямым, бытовым — без иронии или насмешки, а скорее как констатация привычки или профессии.

Суффикс -ун в основе Пачкун указывает на деятеля: в русском языке суффикс -ун образует существительные со значением лица, склонного к действию (например, «крикун», «молчун»). Пачкун — тот, кто пачкает, марает. Это слово могло стать прозвищем гончара, маляра, печника или человека, работающего с сажей и глиной. Позже от прозвища Пачкун образовалась фамилия Пачкунов (по модели «чей?» — «сын Пачкуна»), а затем и Пачкунова.

Географически фамилия Пачкунов встречается в центральных и южных областях России, особенно в Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниях. В некоторых говорах «пачкать» имело дополнительное значение — «делать кое-как, халтурить», поэтому прозвище могло закрепиться за нерадивым работником. Однако в большинстве случаев оно указывало на конкретное занятие, связанное с неизбежным загрязнением.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Пачкунова стоит в ряду таких же «профессионально-прозвищных» фамилий, как Мазуров (от «мазур» — тот, кто мажет), Грязнов, Коптев. Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Пачкан/Пачкун было не самым лестным и со временем вытеснялось более благозвучными вариантами. Тем не менее, она сохранилась и сегодня встречается у носителей, чьи предки, вероятно, были ремесленниками или крестьянами, чья работа оставляла следы на одежде и лице.