Фамилия Пичкунова — это женская форма фамилии Пичкунов, которая образована от мужского прозвища или имени Пичкун. В основе лежит древнерусское слово «пичуг» или «пичуга» — так в народе называли маленькую птицу, пташку. Суффикс -ун указывает на деятеля: Пичкун — это «тот, кто связан с пичугами»: возможно, птицелов, любитель певчих птиц или человек маленького роста, юркий и подвижный, похожий на птичку. В русских говорах слово «пичкун» могло означать и детёныша птицы, и самого птенца.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище на -ун (Пичкун) + притяжательный суффикс -ов. Суффикс -ун в прозвищах часто давал оттенок характерного признака или занятия: говорун, крикун, хвастун. В случае с Пичкуновым прозвище, скорее всего, носило описательный или профессиональный характер. Ударение в фамилии, вероятно, падает на второй слог: Пичкуно́ва, хотя в разных регионах возможны варианты.

Географически фамилия редкая и встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где диалектное слово «пичуга» было в ходу. Встречаются варианты написания с одной «н» — Пичунова, но это уже другая фамилия, образованная от «пичун» (то же значение, но с другим суффиксом). В ономастических справочниках фамилия Пичкунов не относится к числу массовых, что делает её особенно ценной для локальной истории — носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких смежных родов, а не из разных регионов.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями вроде Птицын, Пташкин, то Пичкунов выделяется именно редкой основой «пичуг» — она почти не встречается в других фамилиях, в отличие от более распространённых «птица» и «птаха». Это указывает на то, что прозвище Пичкун могло быть не просто уменьшительным, а местным, диалектным, и его носитель был хорошо известен в своей округе именно под этим именем, а не под крестильным.