Фамилия Пакунова — женская форма от мужской фамилии Пакунов, и её происхождение стоит разбирать через мужской вариант. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Пакун. Как правило, такие имена образовывались от глаголов или названий занятий. В данном случае напрашивается связь с диалектным глаголом «пакунать» — так в некоторых говорах называли ворчливого, надоедливого человека или того, кто постоянно придирается. То есть Пакун — это «ворчун», «брюзга». Прозвища такого типа (Пискун, Воркун, Буркун) были распространены в крестьянской среде и не несли резко отрицательного оттенка, а скорее описывали характер.

Версия с ремеслом менее вероятна, но тоже возможна. В рязанских и тамбовских говорах «пакун» — это вид корзины, кузова. Тогда прозвище мог получить корзинщик или торговец, носивший товар в такой корзине. Однако эта гипотеза слабее: корень «пак-» в значении «плетёное изделие» встречается редко и не даёт устойчивого прозвищного ряда.

Словообразовательная модель типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов/-ев присоединялся к основе на твёрдый согласный (Пакун → Пакунов). Это указывает на то, что фамилия сформировалась в среде простого люда не позднее XVII–XVIII веков, когда отчества на -ов стали закрепляться как наследственные.

Географически фамилия Пакунов (и Пакунова) тяготеет к южнорусским регионам — Курской, Воронежской, Ростовской областям. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, родоначальник жил в одном селе или волости, и фамилия не разошлась широко. В отличие от массовых фамилий вроде Попов или Смирнов, Пакуновы — это след конкретного прозвища, которое могло закрепиться за одной семьёй.

В документах фамилия не фигурирует среди дворянских или купеческих родов — это однозначно крестьянская фамилия. В советское время она могла исчезнуть или стать редкой из-за миграций и смены фамилий, но сохранилась в памяти нескольких родов. Если вы носите фамилию Пакунова, ваш предок, скорее всего, был человеком с характером — ворчливым, но не злым, или же мастером, делавшим корзины.