Фамилия Плакунова образована не от прозвища, а от мирского имени Плакун. В древнерусской традиции такие имена давали не для того, чтобы описать характер младенца, а как оберег. Называя сына Плакуном, родители надеялись обмануть злых духов: считалось, что ребёнок с «плачущим» именем будет расти спокойным и счастливым, а слёзы, заложенные в имени, не тронут его в будущем.

Существует и вторая, более глубокая версия, связанная с плакун-травой. В русских духовных стихах это сказочное растение выросло из слёз Богородицы, пролитых во время крестных мук Иисуса Христа. Плакун-трава упоминается в заговорах как чародейское средство: она позволяла повелевать духами и овладевать кладами. Из её корня делали амулеты, в том числе кресты-тельники. Давая младенцу имя Плакун, родители словно вверяли его природе, надеясь, что к ребёнку перейдут полезные качества избранного представителя растительного мира.

Выбор между версиями непрост, но обе они сходятся в главном: имя должно было защитить ребёнка. Первая гипотеза проще и ближе к бытовой логике имени-оберега, вторая — красивее, но опирается на книжную, а не на повседневную традицию. Правдоподобнее выглядит первая: имена от глагола «плакать» встречаются в старых русских именниках чаще, чем обращения к конкретным травам.

Сама фамилия построена по типичной модели: имя Плакун плюс притяжательный суффикс -ов, который указывал на принадлежность роду. Плакунова — это буквально «дочь или жена Плакуна». Такая форма характерна для северорусских и поволжских говоров, где мирские имена держались дольше, чем в центральных областях.

Однокоренные фамилии — Плакунов, Плакухин, Плаксин — разошлись по разным ветвям одного корня, но Плакунова сохранила самую архаичную основу, без дополнительных суффиксов, которые часто прирастали к прозвищам. Это говорит о том, что фамилия закрепилась рано, ещё до массового закрепощения крестьян, когда мирские имена активно переходили в родовые прозвания.

Сословной привязки у фамилии нет: Плакуновы встречались и среди крестьян, и среди посадских людей. В документах XVII–XVIII веков такая фамилия фиксируется в разных уездах, что подтверждает её широкое бытование, а не локальное происхождение.