Основой фамилии Плакунова послужило мирское имя Плакун. Мирское имя Плакун восходит к глаголу «плакать». В данном случае, надеясь иметь счастливого и здорового мальчика, родители назвали его Плакуном. Согласно другой версии, имя связано с плакун-травой. В русских духовных стихах часто говорится о сказочной плакун-траве, выросшей из слез Богородицы, пролитых во время крестных мук Иисуса Христа. Эта трава упоминается в заговорах как чародейское средство, позволяющее повелевать духами, овладевать кладами. Корень плакун-травы мог служить материалом для амулетов, в том числе — крестов-тельников. Поэтому давая младенцу такое имя, как Плакун, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделён избранный представитель растительного мира. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Плакун, со временем получил фамилию Плакунова.