Фамилия Пекунова — женская форма фамилии Пекунов. Её основа, скорее всего, связана с глаголом «печь» или «пекти» (в диалектах — «печь, жечь»). Однако прямой путь лежит через прозвище Пекун. В старых русских говорах «пекун» — это не просто тот, кто печёт, а конкретный персонаж: пчеловод, который выкуривает пчёл из улья (от «пекло» — жара, дым). В некоторых регионах так называли и самого пасечника, и человека, который топил баню или поддерживал огонь в кузнице. То есть фамилия указывает на ремесло, связанное с огнём и жаром.

Суффикс -ун в русских прозвищах часто обозначает деятеля по характерному действию (ср. бегун, ворчун, крикун). Пекун — «тот, кто печёт, палит, выкуривает». Модель образования фамилии простая: к основе Пекун прибавили типичный для центральной России суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Пекуна». Форма Пекунова, соответственно, означает «жена или дочь Пекуна».

Географически фамилия встречается нечасто, но заметна в северных и центральных областях — Архангельской, Вологодской, Костромской, а также на Урале. В этих краях пчеловодство и бортничество были развиты веками, и прозвище Пекун могло закрепиться за пасечником. Есть и более редкая версия: в некоторых говорах «пекун» — это вид гриба (трутовик), но для прозвища это маловероятно, так как грибные прозвища обычно давались по внешнему сходству, а не по действию.

Интересно, что фамилия Пекунов не имеет отношения к украинскому «пекун» в значении «пекарь» — в русской традиции пекаря чаще называли хлебником или калачником. Русский Пекун — это именно человек, работающий с огнём, жаром, дымом. Так что предок носительницы фамилии Пекунова, скорее всего, был либо пчеловодом, либо истопником, либо кузнецом — мастером, чья работа требовала постоянного обращения с огнём.