Фамилия Пешкунова — женская форма фамилии Пешкунов, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или мирским именем Пешкун. В основе лежит слово «пешкун», которое в русских говорах имело два основных значения. Первое — «пешеход», то есть человек, передвигающийся пешком, в отличие от тех, кто ездит верхом или на телеге. Второе значение — «пестун», то есть нянька, воспитатель, тот, кто «пестует» (нянчит) детей. Оба значения могли стать прозвищем: либо за манеру ходить пешком, либо за род занятий.

Словообразовательная модель здесь типична для русских фамилий: суффикс -ун- образует существительное со значением деятеля (пеш- + -ун), к которому затем добавился притяжательный суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «чей?» — Пешкунов, то есть сын или потомок Пешкуна. Фамилия Пешкунова — это форма женского рода, означающая «жена или дочь Пешкунова».

Географически фамилия Пешкунов (и её женская форма) наиболее распространена в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. Это объясняется тем, что слово «пешкун» в значении «пешеход» активно бытовало именно в северных говорах. В южных регионах, где передвижение верхом было более привычным, прозвище могло иметь ироничный оттенок.

Существует и менее очевидная версия, связывающая фамилию с тюркскими корнями, где «пеш» может означать «пять», а «кун» — «день». Однако эта гипотеза крайне слаба: во-первых, фамилия не встречается в регионах традиционного расселения тюркских народов, а во-вторых, русская словообразовательная модель с суффиксом -ун- здесь не работает. Поэтому версия о происхождении от русского прозвища Пешкун — единственная убедительная.

В ономастических словарях (например, в работах Б. Унбегауна) фамилия Пешкунов не выделяется отдельно, но её модель полностью соответствует типу фамилий от прозвищ с суффиксом -ун: Хвастун, Болтун, Молчун. Это говорит о том, что фамилия возникла в крестьянской среде, где прозвища давали по заметной черте характера или поведения. Сегодня Пешкуновы — это в основном потомки тех, кого когда-то в деревне прозвали за привычку ходить пешком или за то, что нянчил чужих детей.