Фамилия Плешкунова образована от прозвища Плешкун. В его основе лежит нарицательное «плехан» — так в старину называли лысого, плешивого человека. Скорее всего, основатель рода получил это прозвище из-за внешней особенности: отсутствия волос на голове. Однако у слова было и переносное значение — так могли сказать об опытном, бывалом человеке, «тёртом калаче», которого жизнь потрепала, отсюда и метафора с облысением.

Модель образования простая и типичная для русских фамилий: к прозвищу Плешкун добавили суффикс притяжательного прилагательного -ов, а затем и родовое окончание -а. Получилось отчество-фамилия, отвечавшая на вопрос «чей?» — сын Плешкуна. Со временем форма закрепилась как фамилия и передавалась уже по прямой линии, не меняясь.

Популярность подобных имён и прозвищ породила целый куст родственных фамилий. Рядом с Плешкуновой стоят Плешаков, Плешанов, Плешков, Плешкевич, Плешивцев, Плеханов, Плехов. Все они восходят к одним и тем же корням, связанным с плешью, и различаются лишь диалектным произношением или уменьшительными формами. Интересно, что фамилия Плешкунова встречается реже своих «родственников» — суффикс -ун в прозвище указывает на носителя яркого признака, и такие формы чаще закреплялись в северных и сибирских говорах.

Так потомок человека по прозвищу Плешкун со временем получил фамилию Плешкунова. Она не указывает на сословие или ремесло, зато сохранила память о конкретном человеке — возможно, лысом, а возможно, много повидавшем и умудрённом опытом предке.