Фамилия Пекунов, вероятно, образована от прозвища Пекун, которое предположительно восходит к глаголу «печь». Таким образом, прозвище Пекун может относиться к профессиональным именованиям, указывающим на род деятельности предка: скорее всего, он был пекарем. Менее вероятно, что прозвище Пекун связано с глаголом «печься» в значении «заботиться, ходатайствовать». В этом случае Пекуном могли прозвать того, кто заметно пёкся о себе или о других. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пекун, со временем получил фамилию Пекунов.