Фамилия Пекунькина — женская форма мужской фамилии Пекунькин, и её происхождение стоит искать не в дворянских гербах, а в повседневной жизни русской деревни. В основе лежит прозвище или мирское имя Пекунька, которое, в свою очередь, образовано от глагола «печь». Суффикс -уньк- здесь уменьшительно-ласкательный, характерный для народной речи (сравните: тётунька, бабунька). Таким образом, Пекунька — это ласковое прозвище пекаря, человека, который пёк хлеб или пироги, либо же того, кто сам был «горячим», пылким по характеру.

Словообразовательная модель проста: основа «пек-» (от «печь») + суффикс имени деятеля -ун- (как в словах «бегун», «говорун») + уменьшительный -к- и окончание -а. Получается имя-прозвище, которое затем оформилось в фамилию с типичным русским патронимическим суффиксом -ин. Такая схема — от прозвища на -ка через притяжательное прилагательное — одна из самых распространённых в русской ономастике: Ивашка → Ивашкин, Петрунька → Петрунькин, Пекунька → Пекунькин.

Фамилия редкая и, скорее всего, имеет локальное происхождение. В отличие от массовых фамилий вроде Пекарев или Пеков, где суффикс -ев/-ов указывает на «сына пекаря», форма Пекунькин указывает на конкретного человека по имени Пекунька. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно встретить похожие прозвища: Пекун, Пекунко — их давали не только пекарям, но и людям с румяным лицом или вспыльчивым нравом. Географически фамилия могла закрепиться в центральных или северных губерниях, где традиционно пекли хлеб в русской печи, а прозвища были особенно цепкими.

Интересная деталь: если бы фамилия писалась через «ё» (Пекунькина с ударением на второй слог), она бы отсылала к слову «пёк» — прошлому времени глагола «печь». Но в реальном бытовании, скорее всего, ударение падает на второй слог — ПекУнькина, что ещё раз подчёркивает «говорящий» суффикс -уньк- и связь с ремеслом. Никаких версий о нерусском или искусственном происхождении у этой фамилии нет — она чисто народная, бытовая, и предок её носителя был либо мастером выпечки, либо просто человеком с «жарким» нравом.