Фамилия Пекушкина образована от прозвища Пекушка, и в основе её лежит глагол «печь». Словообразовательная модель проста: к основе Пекушк- добавлен суффикс -ин, который в русском языке указывает на принадлежность роду. Изначально форма Пекушкин означала «чей-то сын», то есть «сын Пекушки» или «человек из семьи Пекушки». Женское окончание -а в фамилии Пекушкина — это грамматическая форма, которая в современных документах закрепилась за женщинами, тогда как мужчины носят вариант Пекушкин.

Прозвище Пекушка, скорее всего, относилось к профессиональным именованиям. Так могли называть пекаря или человека, который работал при печи, — например, того, кто вёл выпечку хлеба в барском доме или в монастырской пекарне. В старину прозвища по ремеслу были естественным способом отличить одного человека от другого в деревне, где полных тёзок встречалось много. Потомки такого мастера со временем переняли его прозвище как фамилию.

Менее правдоподобная версия связывает Пекушку с глаголом «печься» в переносном смысле — «заботиться, хлопотать, ходатайствовать». Тогда прозвище могло закрепиться за человеком, который заметно пёкся о себе или о других, был хлопотливым и радельным. Однако эта гипотеза выглядит слабее: подавляющее большинство прозвищ от глагола «печь» в русской ономастике указывает именно на занятие пекаря, а не на черту характера. К тому же суффикс -ушк- в прозвище Пекушка придаёт слову ласкательный или уменьшительный оттенок, что типично для имён, данных по ремеслу в бытовом общении.

Стоит обратить внимание на редкость фамилии. В отличие от массовых Пекарских, Печниковых или Пекуновых, фамилия Пекушкин встречается нечасто. Это говорит о том, что она закрепилась в узком локальном кругу — возможно, в одной или нескольких соседних деревнях, где жил род потомственных пекарей. Точной географической привязки к конкретной губернии по доступным источникам не прослеживается, но сам корень «пек-» широко распространён в северных и центральных русских говорах, где печное дело было особенно развито.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Пекушкина стоит отличать от Пекуновой: та образована от прозвища Пекун, которое тоже связано с печением, но звучит грубее и архаичнее. Пекушка же звучит мягче, и это дополнительный аргумент в пользу того, что прозвище возникло в семейном или соседском обиходе, а не в официальных переписях.

В итоге, наиболее вероятная история фамилии Пекушкина такая: в каком-то селе жил пекарь, которого в округе ласково звали Пекушкой. Его дети и внуки стали Пекушкиными, а спустя поколения фамилия закрепилась уже как наследственная. Сегодня она сохраняет память о ремесле предка, хотя сам носитель фамилии может быть далёк от печного дела.