Фамилия Пакушкина — женская форма фамилии Пакушкин, и её разумнее рассматривать в мужском варианте, так как именно он несёт историю происхождения. Пакушкин — фамилия, образованная с помощью суффикса -ин, который в русской ономастике традиционно указывает на принадлежность: «чей?» — Пакушкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Пакушка.

Корень здесь — «Пакуш-», и это сразу ставит перед нами вопрос: что за имя или прозвище скрывается за этим звучанием? Самое вероятное объяснение лежит в диалектной или просторечной основе. В русских говорах слово «пакуша» или «покуша» могло означать нечто вроде «неуклюжий человек», «увалень» или «мешковатый». Есть версия, что это производное от глагола «пакушить» — в некоторых регионах так говорили о человеке, который делает что-то медленно, с ленцой или неловко. Таким образом, прозвище Пакушка мог получить медлительный или нерасторопный крестьянин.

Менее распространённая, но не лишённая оснований гипотеза связывает фамилию с тюркскими корнями. В языках тюркской группы есть слово «пак» или «бак» со значением «смотреть», «глядеть», и гипотетическое прозвище Пакуш могло означать «зоркий», «наблюдательный». Однако для центральной России, где фамилия встречается чаще, эта версия выглядит натянутой: суффикс -ушк- скорее характерен для русских уменьшительно-ласкательных форм (дедушка, батюшка), чем для тюркских заимствований. Поэтому версия с прозвищем от диалектного «пакуша» представляется более правдоподобной.

Географически фамилия Пакушкин (и Пакушкина) тяготеет к северо-западным и центральным областям России — её фиксируют в Псковской, Тверской, Новгородской губерниях. В этих краях прозвища, отражающие особенности характера или внешности, были обычным делом при формировании фамилий у крестьян в XVIII–XIX веках. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к государственным или помещичьим крестьянам, а не к дворянству, так как фамилия не встречается в родословных книгах знати.

Таким образом, фамилия Пакушкина означает «дочь или жена Пакушки», а сам Пакушка — человек с прозвищем, данным за неторопливость или неуклюжесть. Никакой драматической истории или знаменитых предков за ней не числится, но она честно отражает крестьянский быт и народную наблюдательность, которые легли в основу тысяч русских фамилий.