Фамилия Пекуновы — это типичная русская фамилия, образованная от прозвища, а не от крестильного имени. Основа здесь — слово «Пекун», которое напрямую связано с глаголом «печь». Чаще всего такое прозвище давали человеку, чья профессия была связана с печью: пекарю, хлебопеку или тому, кто работал при печи в ремесленной артели. Это профессиональное именование, одно из тех, что указывали на род деятельности предка, и оно легло в основу фамилии по модели «прозвище + суффикс -ов». Потомки человека по прозвищу Пекун со временем стали писаться как Пекуновы.

Существует и вторая, менее вероятная версия. Глагол «печься» в старорусском языке имел переносное значение — «заботиться, хлопотать, ходатайствовать». В таком случае Пекуном могли прозвать не пекаря, а человека, который заметно «пёкся» о чужих делах или о собственном благополучии. Эта гипотеза выглядит слабее: прозвища, данные по чертам характера, обычно строятся на более ярких и образных словах, а «пекун» в значении «заботливый» звучит слишком нейтрально. Поэтому версия о ремесле остаётся основной.

Сама модель образования фамилии — через суффикс -ов — указывает на то, что фамилия закрепилась в северных и центральных русских говорах, где был распространён этот тип отчества. В южнорусских землях чаще использовали бы форму Пекуновский или Пекунин, но именно вариант Пекуновы говорит о давнем бытовании в среде, где фамилии формировались от прозвищ отца. Слово «пекун» в диалектах встречается и как обозначение инструмента, например, кочерги или лопаты для выпечки, что тоже могло стать источником прозвища — так могли назвать человека с характерной внешностью или манерой поведения, но это уже область предположений.

Точное время и место возникновения фамилии Пекуновы установить сложно: процесс закрепления фамилий в разных сословиях растянулся на несколько столетий, с XV по XVIII век. Однако сам факт, что фамилия сохранилась и дошла до наших дней, говорит о том, что предки носителей этой фамилии были оседлыми людьми, скорее всего, посадскими или крестьянами, жившими в одном месте достаточно долго. В документах XVII–XVIII веков подобные фамилии встречаются в переписных книгах городов Поволжья и Урала, где активно селились выходцы из центральных уездов.