Фамилия Пекунькин — редкая и с неочевидным корнем, который сразу бросается в глаза своей нестандартностью. В ней нет привычных «Иван» или «Кузнец». Основа — «Пекуньк-», а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Пекунькин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Пекунька.

Самая вероятная версия связывает прозвище с глаголом «печь» — в древнерусском языке «пекун» означало «пекарь», «тот, кто печёт хлеб». Форма «Пекунька» — это уменьшительно-ласкательный вариант, вроде «пекарь-малыш» или «сын пекаря». Такое прозвище могли дать либо ребёнку пекаря, либо самому пекарю невысокого роста или молодому. В северных и центральных говорах встречались слова «пекун» (пекарь) и «пекунья» (женщина-пекарь), что подтверждает бытовую основу фамилии.

Вторая, менее распространённая версия — связь с диалектным «пекун» в значении «жаркое солнце», «зной». В этом случае прозвище мог получить человек с горячим нравом или тот, кто работал под палящим солнцем. Но эта гипотеза слабее: для прозвищ чаще брали конкретные занятия, чем абстрактные явления.

Суффикс -ьк- в основе — типичный для русских фамилий, образованных от уменьшительных форм (сравните: Ванька — Васькин, Петька — Петькин). Фамилия Пекунькин, таким образом, встаёт в один ряд с Пекаревым, Печниковым, но отличается редкой огласовкой и суффиксом. Географически фамилия встречается в основном в центральной России и Поволжье, но её носителей немного — это говорит о локальном происхождении, возможно, из одной деревни или семьи.

Сословно Пекунькины, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что логично: прозвище от рабочей профессии редко попадало в высшие сословия. Первые письменные упоминания могут относиться к XVII–XVIII векам, когда фамилии на -ин активно закреплялись за крестьянскими и посадскими семьями.