Фамилия Печкунов — один из тех случаев, когда ремесло предка почти наверняка определяет её происхождение. В основе лежит слово «печник» — мастер по кладке и ремонту печей. В русских деревнях и городах до XX века печник был фигурой уважаемой и незаменимой: от его умения зависело, будет ли в доме тепло зимой, как будет топиться печь и не станет ли она дымить. Прозвище Печкан или Печко, от которого, скорее всего, и пошла фамилия, — это уменьшительно-ласкательная или обиходная форма названия профессии. Суффикс -ун- в слове «печкун» мог означать человека, постоянно занятого этим делом, или просто давать прозвище с оттенком простонародности.

Словообразовательная модель здесь классическая: прозвище Печкун → притяжательное прилагательное Печкунов («чей?» — «сын Печкуна»). Фамилия закрепилась в северных и центральных губерниях России, где печное отопление было основным, а профессия печника — массовой. Встречается она и в украинских, и в белорусских землях, но с тем же корнем. Интересно, что фамилия могла возникнуть и в среде старообрядцев — у них печное дело часто передавалось по наследству внутри общин.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от нецерковного имени Печка, которое давали ребёнку по какой-то внешней примете или по случаю. Однако в ономастике принято считать, что профессиональные прозвища в русских фамилиях встречаются гораздо чаще, чем случайные бытовые клички, особенно если основа ясна и не требует дополнительных допущений. В словарях фамилий, например у Б. Унбегауна, подобные образования (Печников, Печкарёв) разбираются именно как указание на занятие.

Фамилия Печкунов не относится к числу широко распространённых, но и редкой её не назовёшь. Она компактно бытует в Рязанской, Нижегородской, Владимирской областях, а также на Урале, куда печники переселялись вместе с крестьянами в XVIII–XIX веках. Носители фамилии, если верить архивным записям, в основном были крестьянами или мещанами — людьми, чей труд был связан с огнём и глиной.