Фамилия Пахунов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Скорее всего, прозвище Пахун восходит к глаголу «пахнуть». Возможно, такое прозвище получил бездомный или больной человек. Согласно другой версии, в основе этой фамилии лежит глагол «пахать». Следовательно, Пахуном могли называть и земледельца, трудолюбивого крестьянина. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пахун, со временем получил фамилию Пахунов. О точном месте и времени возникновения фамилии Пахунов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пахунов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.