Фамилия Пахтунов образовалась от прозвища Пахтун. По одной из версий, оно происходит от слова «пахта», которым в архангельских и карельских говорах называют береговой утес, кручу. Вполне вероятно, что основатель рода Пахтуновых жил в селении, расположенном неподалеку от обрыва. В оренбургских говорах пахтой называли персидский хлопок, материал из которого часто использовался для пошива халатов. Поэтому можно предположить, что основатель рода Пахтуновых был портным или торговцем персидским хлопком. Пахтой в прошлом также называли жидкость, оставшуюся после того, как из сливок сбили масло. Соответственно, прозвище Пахтун мог получить тот, кто сбивал масло. Кроме того, однокоренной глагол «пахтать» в тверских и псковских говорах употреблялся в значении «нянчиться, хлопотать». Отсюда следует, что Пахтуном могли прозвать беспокойного, хлопотливого человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пахтун, со временем получил фамилию Пахтунов.