Фамилия Пахтуев — один из тех случаев, когда географическая привязка оказывается сильнее, чем разгадка прямого значения корня. Если вглядеться в основу, то сразу бросается в глаза её связь с «пахтать» — взбивать масло, сбивать сливки. Пахтуем в северных и центральных русских говорах называли того, кто занимался этим делом, либо маслобойню, либо сам продукт — пахту (пахтанье). Казалось бы, логичная ремесленная фамилия: предок мог быть маслоделом, владельцем небольшой маслобойни. Но здесь есть важный нюанс: по законам словообразования, прозвище Пахтуй дало бы фамилию Пахуев или Пахтухин, а форма на -уев скорее типична для имён на -уй (Торопыга — Торопыгин). Пахтуев же — это отчество от Пахтуй, но с нестандартным суффиксом, что наводит на мысль о региональном или диалектном варианте.

Другая, более правдоподобная версия отсылает в Поморье. В архангельских и мурманских говорах «пахтус» или «пахтуй» — это не масло, а треска, засоленная особым способом, а также деревянный чан для её засолки. Пахтусник — рыбак или торговец треской. Если учесть, что фамилия Пахтуев встречается в основном на Русском Севере (особенно в Архангельской области и Карелии), версия с рыбным промыслом выглядит весомее. Предок Пахтуевых мог быть помором, связанным с тресковым промыслом, — солильщиком, перекупщиком или владельцем «пахтуса».

Есть и третий, менее очевидный вариант. В ономастических работах, в частности у Б. Унбегауна, отмечается, что фамилии на -уев иногда возникали из прозвищ, оканчивающихся на -уй, которые в свою очередь могли быть производными от крестильных имён (например, Пахом — Пахомка — Пахуй). Это редкая модель, но она объясняет, почему основа не превратилась в более привычное Пахомов. В таком случае Пахтуев — это отчество от уменьшительной формы имени Пахом, где произошла замена звуков: -хом- перешло в -хт- под влиянием местного произношения. Версия спорная, но не невозможная для глухих деревень, где имя искажалось до неузнаваемости.

Как бы то ни было, фамилия Пахтуев — не простая. Она либо указывает на ремесло (маслодел или рыбак), либо на редкую диалектную форму имени. Носителей её немного, и почти все они — потомки северных крестьян или поморов. Никаких дворянских родов или громких исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её народное, трудовое происхождение.