Фамилия Пахтусо — редкая и не сразу прочитываемая. Её форма непривычна для русского уха, и это первый ключ к разгадке. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а фамилия, пришедшая из финно-угорской языковой среды, в частности, из карельского или вепсского языка, или же сильно искажённая при записи в русских документах.

Самая вероятная версия — происхождение от прозвища или имени Пахтус. В основе лежит древнекарельское слово, родственное финскому «pahto» — «скала», «утёс», «крутой берег». Прозвище Пахтус могли дать человеку, жившему у скалистого обрыва, на крутом берегу реки, или же человеку с твёрдым, «каменным» характером. Суффикс -о в конце — это типичное для северных говоров и финно-угорских языков окончание, которое могло оформлять личное имя или прозвище (ср. с карельскими именами типа Пекко, Микко). При переходе в русскую фамилию окончание осталось неизменным, что и создаёт ощущение «незавершённости» — фамилия как будто застыла в форме прозвища.

Менее вероятная, но допустимая версия — искажение редкого канонического имени. Например, греческое имя Пахомий (от «пахис» — «толстый», «плотный») в народной речи на Русском Севере могло превратиться в Пахтус, а затем и в фамилию Пахтусо. Однако такая трансформация встречается реже, чем прямая связь с географическим объектом.

Фамилия Пахтусо почти наверняка имеет очаговое бытование — её носители, скорее всего, концентрируются в Карелии, Мурманской или Архангельской области, а также среди потомков переселенцев из этих мест. Она указывает на крестьянское или поморское происхождение предка, жившего на суровом скалистом берегу. Поскольку фамилия не получила широкого распространения, её носители, вероятно, происходят из одного или нескольких близких родов, сохранивших редкую форму.