Фамилия Пахтуева — женская форма, а мужская, Пахтуев, образована от прозвища или мирского имени Пахтуй. Основа здесь неочевидна на первый взгляд, но если присмотреться, это вариант имени Пахомий. В народной русской традиции церковное имя Пахомий (греч. «широкоплечий») сокращали и переделывали до неузнаваемости: Пахом, Пахомка, а дальше — Пахтуй, Пахтуха. Суффикс -уй (-юй) в таких именах встречается нечасто, он придаёт прозвищу оттенок простонародной, даже несколько грубоватой ласки, как в именах Митуй, Костюй.

Фамилия Пахтуев, а значит и Пахтуева, — типично русская по модели: основа на -уй дала притяжательное прилагательное с суффиксом -ев. Такие фамилии чаще всего встречались в северных и центральных губерниях России, где имя Пахомий было особенно популярно среди крестьян и посадских людей. В документах XVII века можно найти крестьянина Пахтуйка Иванова из Вологодского уезда — это прямое свидетельство бытования прозвища.

Есть и другая, более редкая версия: в некоторых говорах «пахтуй» могли называть человека медлительного или угрюмого, от диалектного глагола «пахтать» — сбивать масло, делать что-то монотонно. Но она менее убедительна, потому что прозвища от глаголов с суффиксом -уй в русской антропонимии почти не встречаются. Гораздо вероятнее, что перед нами простонародная форма крестильного имени.

В написании фамилии Пахтуева важно не путать её с Пахомовой — это однокоренные, но разные фамилии. Пахтуева образована от более редкой, диалектной формы имени, поэтому она встречается реже и имеет яркий севернорусский след. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они были крестьянами или ремесленниками из-под Вологды, Архангельска или Вятки.