Фамилия Пахтушкина — женская форма фамилии Пахтушкин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Пахтушка. Перед нами классическая «семейная» модель на -ин, указывающая на принадлежность кому-то: Пахтушкин сын, Пахтушкина дочь, Пахтушкины люди.

Основа здесь — Пахтушка. Это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Пахом. Пахом — имя греческого происхождения (Παχώμιος), означающее «широкоплечий», «тучный». В народе имя было популярно, давало множество производных: Пахомка, Пахомушка, Пахомыч. Форма Пахтушка — результат стяжения и оглушения согласного: Пахом → Пахомка → Пахомушка → Пахтушка. Произошло упрощение: звук «м» перед «к» перешёл в «п», а затем и в «т», что для живой северной и центральной русской речи — обычное дело.

Менее правдоподобная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «пахтать» — сбивать масло, болтать. В таком случае Пахтушкой могли прозвать маслодела или человека, который постоянно суетится, «пахтает» (то есть болтает без умолку или делает что-то беспокойно). Однако в русской ономастике версия с календарным именем всегда приоритетнее, если она фонетически состоятельна. А здесь она состоятельна: переход Пахом → Пахтушка — типичный для русской народной этимологии.

Географически фамилия Пахтушкины тяготеет к северным и центральным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской, Ярославской. Именно в этих краях имя Пахом было особенно распространено, и именно там уменьшительные формы с суффиксом -ушк- и последующим упрощением давали такие фамилии. Встречается и вариант написания Пахтошкин — с тем же корнем, но другим суффиксом.

Если ваш предок носил фамилию Пахтушкин, с высокой вероятностью его звали Пахомом, а в быту — Пахтушкой. Это был крестьянин или посадский человек из северных губерний, и фамилия его — не прозвище по ремеслу, а «отчество» по имени деда или отца.