Фамилия Пахтушкин — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. Основа здесь не от имени Пахом или Пахтус, как можно было бы подумать, а от названия реки Пахра, что протекает под Москвой и впадает в Москву-реку. Жителя по берегам Пахры в старину называли пахрушкой или пахтушкой — через закономерное чередование «р» и «т» в говорах. Так появилось прозвище Пахтушка, а от него — фамилия Пахтушкин, то есть «сын Пахтушки».

Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Пахтушкин. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ и нецерковных имён на -а, -я. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Пахту́шкин, что тоже согласуется с исходным прозвищем.

Менее вероятная, но возможная версия — от слова «пахтать» (сбивать масло, болтать). В северных говорах пахтушкой называли мутовку или маслобойку, а в переносном смысле — болтливого, суетливого человека. Однако река Пахра даёт более конкретную и исторически обоснованную привязку: район Подмосковья густо населён, и фамилии по гидронимам там не редкость. Прямых параллелей с фамилией Пахомов или Пахтусов у Пахтушкина нет — это разные словообразовательные ветви.

Сословная принадлежность носителей фамилии не закреплена: Пахтушкины могли быть и крестьянами, и мещанами, и купцами. Встречаемость фамилии невысока, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, из окрестностей Пахры или из смежных уездов Московской губернии.