Фамилия Пастушкина — женская форма фамилии Пастушкин, и её происхождение прозрачнее, чем у многих других русских фамилий. Основа здесь — слово «пастушок», уменьшительно-ласкательное от «пастух». В русских говорах так могли называть не только подростка, пасущего скот, но и взрослого человека небольшого роста или щуплого телосложения, либо просто пастуха, к которому относились с долей снисходительности или симпатии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пастушкин — «сын пастушка» или «человек из семьи пастушка». Модель образования типична для русских фамилий от прозвищ или профессий, оканчивающихся на -а, -я: если прозвище было Пастушок, то притяжательное прилагательное звучало как «Пастушкин сын», а затем закрепилось в виде фамилии. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от основ на твёрдый согласный, -ин характерен для основ на -а/-я, что здесь и соблюдено.

Интересная деталь: в отличие от фамилии Пастухов, которая прямо указывает на занятие, Пастушкин несёт оттенок уменьшительности. В ономастике это нередко связывают с тем, что прозвище давали не по основному ремеслу, а по внешнему признаку или возрасту. Например, в писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются записи вроде «пастушок Ивашка» — так могли записать молодого пастуха или человека, чья профессия была временной.

Географически фамилия распространена в центральных и северных областях России, особенно в бывших Новгородской и Вологодской губерниях, где пастушество было сезонным и часто передавалось по наследству. Однако из-за того, что основа не редкая, Пастушкины встречаются и в других регионах, но без ярко выраженного очага.

Спорных версий у фамилии нет: единственная альтернатива — связь с диалектным словом «пастушка» (женщина-пастух), но это маловероятно, так как фамилии от женских профессий в русской традиции исключение, а не правило. Так что предки носителей фамилии — скорее всего, люди, так или иначе связанные с выпасом скота, либо получившие прозвище за сходство с пастушком.