Фамилия Пахтусов образована от личного прозвища Пахтус и относится к распространенному типу русских фамилий. В словаре Владимира Даля встречается глагол «пахтать» — «взбалтывать, взбивать что-либо, встряхивая сосуд» — и однокоренное слово «пахтус» — «ком масла, взбитого в один прием и идущего вторично в перетопку». Поэтому можно предположить, что основатель рода Пахтусовых занимался изготовлением масла. Однако не исключено, что прозвище связано с этим же глаголом, но уже в переносном значении «нянчиться, пестоваться, возиться, хлопотать». В таком случае Пахтусом могли прозвать хозяйственного человека.

Прозвище Пахтус звучит не как личное имя, а как бытовая характеристика человека. Такие прозвища давали не для официальной записи, а для того, чтобы коротко и метко обозначить человека в повседневной жизни: по занятию, привычке или черте характера. Суффикс -ов в фамилии указывает на притяжательность: Пахтусов — это сын, потомок Пахтуса. Такая модель образования фамилий — от прозвища отца с прибавлением суффикса -ов или -ев — была самой массовой в России в XVI–XVII веках, когда фамилии закреплялись за крестьянскими и посадскими родами.

Прозвище Пахтус могло закрепиться и за человеком, который постоянно «пахтал» — то есть суетился, возился по хозяйству, не сидел без дела. В этом случае фамилия сохранила не ремесло, а живой портрет предка — энергичного и хлопотливого человека. Обе версии происхождения не противоречат друг другу: обе опираются на одно и то же слово, и обе рисуют человека труда.

О точном месте и времени возникновения фамилии Пахтусов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был длительным и шёл в разных регионах неравномерно. Пахтусовы встречаются в документах разных губерний, но массового скопления рода в одном уезде не зафиксировано. Это говорит о том, что прозвище возникало независимо в разных местах — там, где жили люди, занимавшиеся маслоделием или слывшие неутомимыми хлопотунами.

Фамилия Пахтусов — замечательный памятник славянской письменности и культуры. Она сохранила в себе слово, которое сегодня почти вышло из живого употребления, но по-прежнему понятно каждому русскому человеку, потому что «пахтать» — это одно из тех трудовых слов, которые веками описывали повседневную жизнь крестьянина.